化学阉割在有些国家主要用于一些严重的性犯罪，特殊的刑罚让人关心其危害。那么，化学阉割是否会留下病根？
药物去势的副作用与手术去势相似。由于使用LHRHA初期刺激脑垂体释放黄体生成素（LH），睾丸产生更多的睾酮，前列腺癌症状进一步加重，对于已有脊柱转移的患者有脊髓压迫，甚至死亡的可能。因此对于已有转移病灶，特别是膀胱颈梗阻、脊柱转移的前列腺癌患者，使用LHRH A治疗初期，应提前1周或同时使用抗雄激素药物治疗，以减轻或预防前列腺癌症状加重。药物去势有这个缺点，而且药物价格昂贵，需长期用药，所以使用受到限制。国内仅在患者拒绝接受手术去势且经济上又能承受时方才采用。
国际上部分国家开始对有恋童癖的罪犯实行化学阉割，以降低其性欲。
在大多数国家和地区，化学阉割都遵循自愿和告知的原则。如果犯人不同意，就不可以对其进行化学阉割，像韩国这样强制进行化学阉割的国家并不多；自愿选择化学阉割的犯人通常能得到缓刑或减刑的奖赏。
尽管化学阉割在预防犯罪方面被证实有效，但其副作用也频频被曝光，如脂肪含量升高、骨密度降低，长期接受这一疗法的人容易患心脏病和骨质疏松。男人因此在外形上女性化，体毛逐渐褪去，乳房逐渐胀大。同时有反对者指出，该疗法的效用个体差异较大，阉割后未必能起到抑制犯罪的作用，反而可能激发被阉割者的负面情绪，产生其它犯罪行为。
化学阉割还是存在很大争议的，自身也会有一些副作用，不过对于严重的性犯罪确实也有不错的效果。
