先天性阴茎短小症不用说天生如此，主要受异常因素的影响。短小也有个程度，正常的性生活无法顺利完成，这就需要进行专业性治疗了。
1、 药物治疗
治疗原则：所谓阴茎短小是指成年男子的阴茎短而细小，影响性交，并且伴有男性第二性征(阴毛、腋毛和胡须、变声、喉结、男性生殖器形态等)发育不全或逐渐退化，精神萎靡，全身乏力，缺乏男性的阳刚之气;阴毛稀少，性欲减退，或出现阳痿、早泄等性功能障碍的毛病，医学上有一种叫做克氏症小阴茎的毛病便属于阴茎短小的疾病。正常男子的阴茎，在平时松软状态下长度，因为基因的原因，大小不同，勃起时可增粗增长1倍左右，但不是每个男性都是这样的。
在判断阴茎是否短小时应注意排除个体差异，不要把阴茎偏小的正常人误认为阴茎短小症。若正常的阴茎偏小，但不影响性生活，不伴有性症退化，便不宜当疾病对待的。需要帮助他们认识到阴茎大小不是性生活的关键所在，是无需诊治的。有些人认为自慰，导致阴茎缩小，也是一种心理问题。对于克氏症小阴茎的病人，应在进入青春期之前注射大剂量的雄激素，可以促进阴茎发育，促使男性第二性征的出现，有助于婚后进行正常的性生活。
2、 中医辨证治疗
这里讲到的中医治疗方法并不是平时说的中草药治疗，而是指依靠自然锻炼增大阴茎的方法，这种方法不依靠任何药物和手术，是从男性生理结构出发，通过锻炼促使阴茎部位血液循环及海绵体充血功能加强，从根本上解决阴茎短小的问题。
医学技术发达的今天，先天性阴茎短小症还是有方法能够解决的，关键是看自己比较适合哪种方法。除了正规方法之外，适当的配合其他的锻炼方式，效果也是很不错的。
