男孩性器官的异常体征较多见，主要有隐睾症、包茎和包皮过长、睾丸鞘膜积液等。
男孩中约1.8%在新生儿时有隐睾表现，其中早产儿约占40%。隐睾有单侧和双侧两种。80%的隐睾能在1岁内自然下降，如果2岁以后仍不下降则只能依靠手术解决。不少隐睾患儿还合并有腹股沟斜疝或尿道下裂等症状。
在儿童入学体检中一旦发现有隐睾体征的家长要即带孩子去治疗，否则年龄越大睾丸受腹腔内过高温度的有不良影响越大，曲细精管的萎缩和生精细胞减少的现象越明显，双侧隐睾者常因此丧失殖能力。
不过，隐睾儿的睾丸间质细胞照样可分泌雄激素，所以腑毛、阴毛、胡须等照常生长，因此单凭检查第二性征是不解决问题的，应引起重视。
包茎和包皮过长在男孩中也很常见。如果包皮过于小包皮不能上翻露出尿道口和阴茎头者称包茎。包皮口覆盖阴茎龟头，但能上翻露出阴茎者称包皮过长。两者都能发生包皮阴茎头炎症，继发展道口或前尿道狭窄，发生排尿困难，包皮过长的时间一久，从龟头颈部小腺体分泌出来的粘液成了泥浆状的沉积物，很臭，这就是包皮垢。
包皮垢不断刺激包皮，引起局部发炎、红肿和疼痛，包皮垢的长期刺激还可诱发阴茎癌，据调查，90%以上的阴茎癌有包茎和包皮过长的病史。所以，发现包茎的儿童时，应动员家长及时带去做包皮环切术，发现有包皮过长者应提醒患儿家长经常用温开水或1/5000高锰酸钾水洗涤局部，保持清洁卫生，当然能做手术则更好。
